Přes tíživou situaci po okupaci v březnu 1939 jela Pětka o Velikonocích na vodu, v květnu uspořádala veřejnou fotografickou výstavu v klubovně a vyhrála 1. ročník závodu Přes tři jezy.

Oba tábory v roce 1940, na Sečské přehradě i ten vlčat v Nižboře, rozehnali nacisté.

28. 10. 1940 byl Junák nacisty zakázán a zlikvidován. Braťka jako tajemník Junáka byl zatčen gestapem a téměř rok internován. Přesto zůstala řada Pětkařů v kontaktu a vnikli do už zkonfiskované klubovny a zachránili oddílovou vlajku. Válečné tábory byly nenápadné, např. koníčkování po Vltavě.

Členové Pětky založili 1940 odbojovou družinu Zbojník, která se 1943 stala základem Prvního Praporu Zpravodajské Brigády (ZB). Ta se během války rozlostla – nejen Pětkaři – do síly 700 vlastenců.

Hlavní náplní byla špionáž.
Při Květnovém povstání 1945 Zbojníci nasazovali životy, např. Rohlas s Varou zneškodnil první útočnický tank.Další informace k ZB najdete v brožůrkách, které jsou vyloženy v místnosti.

Po válce musí Braťka s přístavnými zvládnout nebývalý příliv nováčků – již první poválečný tábor má skoro 150 účastníků! 1946 Braťka rozšiřuje Pětku na Přístav, sestávající se z pěti oddílů – m.j. Pětky a Devítky. Na táborech byla Vlčata a 6 mužstev: Ještěrky, Vlci, Lišky, Medvědi, Rackové a Lachtani.

Na táboře na Seči 1947 natáčí režisér Mach film ze skautského prostředí „Na dobré stopě“ (odtud název výstavy) podle Braťkova scénáře. Ten je možné sehnat například v Junu a hraje v něm hned několik Pětkařů.

Oddíly 5. Přístavu se opět úspěšně zůčastňují závodů Přes tři jezy. Zprovozňují dvoustěžňový kutr. Pro zimní aktivity dostal přístav k dispozici jednu Tetřeví boudu. Jack z Devítky se podílel na vedení lesní školy v Bechyni.

Pětkaři se zůčastnili důležitého 1. poválečného Jamboree v severní Francii, Braťka vedl československé vodní skauty. Ti na místě postavili dvě pramice a darovali je francouzským kolegům. Mnoho fotografií se bohužel nezachovalo.

Další velká aktivita přístavu v letech rozmachu 5. Přístavu byla stavba loděnice „Pod skalou“ v Podolí – Braníku. Koncem 1948 z ní svazáci Pětku vyhnali.

Tak by se mohlo všechno vyvíjet, kdyby se politická obloha nezatahovala a tentokrát z východu se neblížila bouřka…